Hola pi molko.
Ese es un gran problema de los e-commerce. Tienes 3 soluciones:

1) hacer el trabajo a mano, cuidando cada meta, descripccion, contenidos, etc. Siempre haciendo un estudio de palabras claves.
2) instalar una extension de seo que te genera parte del trabajo de forma automatica.
Los automatismos no suelen gustarle a google
3) bloquear las fichas de producto a los buscadores y apostar por posicionar las paginas de categorias, son menos y refrescan contenido con mas facilidad.

La que da mejor resultado es la primera, pero es mucho mas trabajo.

Suerte!